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geometrisches modell eines DNA crossover motif

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Algebraische Topologie

Tags: Algebraische Topologie

 
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19:04 Uhr, 12.10.2020

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Hallo zusammen,

ich versuche gerade die Positionen der Phosphatgruppen entlang eines DNA 'double crossover' (dx) Motivs in einem xyz Koordinatensystem zu bestimmen und verzweifele daran...

DNA ist eine rechtsgängige Doppelhelix. Die geometrischen Parameter sind wie folgt:

R (Radius): 1,0 nm
A (Achsen Winkel zwischen den einzelnen DNA strängen der Doppelhelix): 170,04 °
L (Längenzunahme der DNA pro Basenpar): 0,34 nm
D (Drehung pro Basenpaar): 34,48 °

ein dx Motiv besteht nun aus zwei Doppelhelixen die 'nebeneinander' liegen und alle 21 Basenpaare miteinander verbunden sind.
Dabei ist Doppelhelix 1 um 15 ° rotiert, und Doppelhelix 2 um -19 ° rotiert und um 2.5 nm versetzt. Ich habe ein Bild angehangen, und hoffe es ist verständlich.



Ich brauche also 4 Helix Funktionen um die n te Position Phosphate des DNA-Rückrads zu berechnen, richtig?

Hier ist was ich habe:

Entlang der x-Achse gilt für alle Stränge:

x1,2,3,4=(n-1)L


an den anderen Funktionen scheitere ich aber, hier meine Überlegungen bisher:

z1=Rsin(n-1D+15)
y1=-Rcos(n-1D+15)

z2=Rsin(n-1D+A+15)
y2=-Rcos(n-1D+A+15)

z3=Rsin(n-1D-19)
y3=2.5-Rcos(n-1D-19)

z4=Rsin(n-1D+A-19)
y4=2.5-Rcos(n-1D+A-19)

Könnt ihr mir helfen?

Vielen Dank!!!


Bild1

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